Truyện xảy ra tại Thành Vatican – vùng đất thánh của những tín đồ Công giáo. Tại đó, tổ chức Seito no Za (Hội Thánh) đóng vai trò quan trọng trong việc điều tra tính xác thực của những phép lạ trên toàn thế giới. Hai điều tra viên nòng cốt của Seito no Za gồm chuyên gia phân tích mật mã Robert Nicholas và nhà khoa học thiên tài Hiraga Josef Kou đã cùng nhau sát cánh truy tìm tất cả những ‘phép màu’ và những âm mưu ẩn sau đó.