Vào năm 2015, Angel (Thiên Thần), những sinh vật hung tợn to lớn mạnh mẽ và không rõ nguồn gốc, lần thứ hai xuất hiện tại thành phố Tokyo-3. Hi vọng duy nhất cho sự tồn tại của nhân loại được đặt vào Evangelion, một cỗ máy chiến đấu dạng người được phát triển bởi NERV, cơ quan đặc vụ của Liên Hiệp Quốc. Có khả năng chống trả lại các đòn công kích của Angel nhưng điểm yếu sót lại của Evangelion là chỉ một vài người có tố chất mới có thể điều khiển được. Đó phải là những thanh thiếu niên được sinh ra vào 14 năm trước, 9 tháng sau khi lần đầu tiên Angel xuất hiện.