Là sequel của anime nổi tiếng Eureka Seven chiếu năm 2005. Câu chuyện lần này lấy bổi cảnh là đảo Iwado của Okinawa, trong thời gian gần đây bỗng nổi lên 1 phong trào đòi quyền tự trị. Nhân vật chính Ao Fukai sống cùng 1 ông bác sĩ già tên Toshio, cha cậu không rõ đã đi đâu còn mẹ cậu đã bị bắt cóc bởi 1 nhóm người lạ mặt 10 năm về trước. Cậu chơi thân với Naru Arata, 1 cô bạn chứa trong mình 1 sức mạnh có tên “yuta”. Một ngày, 1 thực thể bí ẩn tên “Secret” bỗng dưng xuất hiện và tấn công đảo, bắt buộc Ao phải lái Nirvash để phản công.