Một hạm đội bí ẩn với các siêu vũ khí bí ẩn được gọi là "Hạm đội sương mù" đột nhiên xuất hiện trên toàn thế giới. Nhân loại không có công nghệ nào có thể chống lại được hạm đội này nên bị quét sạch khỏi đại dương...17 năm sau,vì nhiều lý do, Gunzou Chihaya cùng với thuỷ thủ đoàn của mình có mặt trên tàu I-401 cùng với "Bản thể hoá" (Mental Model) của tàu I-401,Iona,bắt đầu chuyến hành trình của mình chống lại hạm đội sương mù...