Phong Vân Biến kể về hai võ giả đỉnh cao Bộ Kinh Vân và Nhiếp Phong ứng phó với một kiếp nạn đang ập tới nhân gian, được tiền bối vô danh và vị khách thần bí đến từ thiên ngoại giúp đỡ biến thành trạng thái lượng tử, rồi không rõ tung tích. Ba ngàn năm sau, một hành tinh nhỏ va chạm với trái đất, khiến bề mặt trái đất trở thành một khu phế tích bỏ hoang. Nhân loại bị kẹt ở dưới lòng đất, dần dần phát hiện ra bên trong cơ thể mình đang tồn tại một sức mạnh siêu năng lực tên là Mạch Năng. Thiếu niên mồ côi Bộ Thiên Vân đến từ thành phố ngầm số 32 vô tình gọi được Bộ Kinh Vân đang ngủ say ở trong sắt thiên thạch, từ đó phát hiện ra tiềm lực của Mạch Năng bên trong cơ thể, và sánh vai với truyền nhân của Nhiếp Phong là Nhiếp Tử Phong, cùng nhau đi lên con đường rèn luyện để trở thành võ giả Mạch Năng, bảo vệ thế giới.